Καθαρισμός βυθού ενυδρείου....(???)

Θα ήθελα να ρωτήσω σχετικά με τον καθαρισμό του βυθού του ενυδρείου (60 λίτρα). Έχω εντός:
3 Platys
3 Guppy
1 Anubias barteri var. nana
1 Vallisneria spiralis

Έχω ώς υπόστρωμα χαλικάκι και μικρά βότσαλα που μάζεψα από παραλία.
Η λειτουργία του ενυδρείου είναι εδώ και 4 μήνες.
Αυτό που παρατήρησα μετά από τις πρώτες 40 μέρες είναι πως τα βότσαλα και τα χαλικάκια έχουν μαζέψει γκρίζα σκόνη πάνω τους.
Δεδομένου πως δεν έχω καθαρίσει ποτέ το υπόστρωμα θα ήθελα γνώμες αν αυτό τελικά είναι απλώς βρωμιά ή περίπτωση άλγης.
Επίσης αν χρησιμοποιήσω σκούπα βυθού θα είναι καλό ή θα απομακρύνω όλα τα θρεπτικά στοιχεία για τα φυτά μου....????
Παρακαλώ απαντήσεις