Σε γενικές γραμμές σύμφωνα με τη βιβλιογραφία τα φυτά προτιμούν τις ανόργανες μορφές λιπασμάτων. Φυσικά αυτό δεν είναι απόλυτο. Τα φυτά προτιμούν να προσλάβουν τα μακρο και μικροστοιχεία στην πιο απλή τους μορφή. Στο υπόστρωμα του ενυδρείου όπου μαζεύονται με τον καιρό τα οργανικά κατάλοιπα αναπτύσσονται μικροοργανισμοί, οι οποίοι διασπούν τις οργανικές ενώσεις από τα κατάλοιπα και έτσι δίνουν τη δυνατότητα στα φυτά να προσλάβουν πιο εύκολα τον άνθρακα και τα υπόλοιπα θρεπτικά στοιχεία τα οποία τα βοηθούν στην ανάπτυξή τους. Αυτός είναι ο λόγος που σε φρεσκοστημένα ενυδρεία μπολιάζουμε το βυθό με μέρος από παλιό και στρωμένο υπόστρωμα (μούργα). Είναι ένας εύκολος τρόπος να αναπτυχθούν γρηγορότερα οι αποικίες αυτών των βακτηριδίων-μικροοργανισμών. Συνήθως τα ανόργανα λιπάσματα είναι ευκολότερα στη χρήση και ασφαλέστερα για τα δικά μας δεδομένα. Υπάρχουν βέβαια και περιπτώσεις όπου χρησιμοποιούνται οργανικά λιπάσματα με στόχο την βελτίωση των συνθηκών του εδάφους ή για την ευκολότερη πρόσληψη ορισμένων στοιχείων όπως π.χ. των Fe, Mn και Cu με οργανικές (χηλικές) ενώσεις. Επίσης ορισμένα έτοιμα λιπάσματα για ενυδρεία περιέχουν αμινοξέα (επίσης οργανικές ενώσεις).
Μια ενδιαφέρουσα μελέτη για τις διαφορές στην ανάπτυξη με διαφορετική μορφή λίπανσης σε άζωτο βρίσκεται εδώ:
http://jxb.oxfordjournals.org/cgi/co...ll/55/402/1577. Όπως φαίνεται ορισμένα φυτά έχουν διαφορετικές προτίμησεις.